見た目の違い
カブトムシはオスの頭部・胸部にある大きな角が特徴。一方クワガタは大顎（アゴ）が発達しており、種によって鎌状・扇状など形が大きく異なる。
寿命の違い
最も大きな違いは寿命。カブトムシの成虫は1〜3ヶ月程度と短命な一方、クワガタは種によって数ヶ月〜3年程度と幅がある。特にオオクワガタは2〜3年生きることもあり、長期間の付き合いを前提に飼育計画を立てられる。
力・喧嘩での違い
戦い方も対照的。カブトムシは角の先端を相手の下に差し込み、てこの原理で持ち上げて「すくい投げ」するのが得意な戦法。クワガタは大顎で相手の体を挟み込み、「つかみ投げ」で振り落とす戦法をとる。体格ではカブトムシの方が大きく力も強い傾向があり、一般的にはカブトムシが優位とされるが、大顎が大きいクワガタ（オオクワガタやノコギリクワガタの大型個体など）が挟んで踏ん張ることで、カブトムシのすくい投げをこらえて逆転することもある。
活動時期の違い
カブトムシは夏の限られた時期にのみ成虫が見られるのに対し、クワガタは種によっては成虫のまま冬を越すため、通年で成虫の姿を楽しめる場合がある。
飼育の違い
カブトムシは幼虫が腐葉土を食べて育つのに対し、クワガタは種によって発酵マットや菌糸ビンを使い分ける必要があり、こだわりだすと奥が深い。
どちらから始めるべきか
初めての昆虫飼育なら、短期集中で気軽に楽しめるカブトムシ、長く付き合う昆虫を探しているならクワガタ、という選び方がおすすめ。